世界文化遺産「古都奈良の文化財」は8資産群からなっています。その中で元興寺は史跡元興寺極楽坊境内という狭い空間の、旧僧坊遺構である国宝極楽堂（極楽坊本堂）と国宝禅室（極楽坊禅室）が登録されています。また、東門は重要文化財に登録されています。この寺は、我国最初の本格的伽藍である飛鳥寺（法興寺）が平城遷都により新築移建された官大寺たる元興寺の極一部にすぎません。かつて平城京の東部外京に、興福寺と南北に接した大伽藍は、たび重なる罹災により姿を消し、この一画と史跡元興寺塔跡、史跡小塔院跡、そして寺に由来する奈良町の町名にかろうじて記録される程度となってしまいました。
この忘れ去られ様とした元興寺が世界文化遺産に登録されたのは、一重に戦後の文化財保護法による成果といえます。多くの人々が地道な調査研究を進め、国庫を中心とした多額の資金が注入され、保存事業が行われて、真正性（オーセンティシイ）が証明されたからなのです。
元興寺の所有する建造物、仏像の多くは文化財として指定を受けています。