主神の彌都波能売神をはじめ、丹生都比売神を合せて、３６の神々をまつる。
もとは、吉野の丹生神社の分社であり、丹生神社と呼ばれた。弘安７年（１２８４）に近木庄が高野鎮守の丹生都比売神社（天野明神・天野大社）に寄進された際、その分霊を勧請されたと伝えられる。
水、雨あるいは安産の神として信仰があつく、江戸時代には雨乞いのため、鐘、太鼓を鳴しながら、“千度参り”が行われた。明治４０年から４２年にかけて、南近義村の全地域に所在する２４の神社を合祀し、南近義神社と明治４２年５月１８日社名が変えられ現在に至る。
熊野九十九王子のうち、鞍持王子、近木王子の神も合祀されている。


南近義神社