当社の創建は大和時代の雄略年間（470年頃）と伝えられ、河内の国を御守護のためにお祀りされた神社で国内でも有数の古社であり、後に延喜式内名神大社に列する神社であります。 　　　　
｢恩智神社圭田八十三束三字田所祭手力雄神也雄略天皇三年奉 ニ 圭田 一 行 ニ 神事 一 云々｣と記されています。（総国風土記）
奈良時代（天平宝字）に藤原氏により再建されてより、藤原氏の祖神である『天児屋根命』を常陸国｢現香取神宮｣より御分霊を奉還し、摂社として社を建立したその後、宝亀年間に枚岡（枚岡神社）を経て奈良（春日大社）に祀られました。従って当社は元春日と呼ばれる所以であります。
神功皇后が三韓征伐の際、当社の神が住吉大神と共に海路、陸路を安全に道案内し、先鋒或は後衛となり神功皇后に加勢したその功により神社創建時に朝廷から七郷を賜りました。
以来、朝廷からの崇敬厚く、持統天皇の元年（689）冬10月に行幸されて以来、称徳天皇（第48代）天平神護景雲二年（768）には、河内、丹後、播磨、美作、若狭の地三七戸を神封に充てられ、文徳天皇（第55代）嘉祥3年（850）10月に正三位、清和天皇（第56代）貞観元年（859）正月に従二位、更に正一位に叙せられ、恩智大明神の称号を賜り、名神大社として、延喜式、名神帳に登載されました。以後醍醐天皇、村上天皇の御字（延喜及び応和3年）の大旱ばつに勅使参向して祈雨をされ、その霊験があり、それぞれ蘇生したと伝わっています。
また、一條天皇正暦五年（994）4月中臣氏を宣命使として幣帛を奉り、疫病等の災難除けを祈願されました。
これが当神社の大祓神事（夏祭・御祓い祭）の始まりとされています。
尚、三代実録によれば神社は下水分社といわれています。これは建水分神社（千早赤阪村）上水分社、美具久留御魂神社を中水分社といわれ、三社とも、楠一族が崇拝した神社であります。
明治維新前迄は、奈良春日社の猿楽は当神社が受けもち、この猿楽座に対して、春日社より米七石五斗と金若干が奉納されていました。
社殿は、当初天王森（現頓宮）に建立されていましたが建武年間に恩地左近公恩智城築城の折、社殿より上方にあるのは不敬として現在の地恩智山上に奉遷され、現在に至っています。
本殿の建築様式は、王子造り（流れ造りの一種）で極めて珍しい貴重な建築様式であります。
拝殿は、多くの人たちの熱い願い（浄財）で平成12年流造千鳥破風の社殿が建てられました。